Pada tahun 1972, ada seorang siswi teladan kelas 3 SMP Yomiyama bernama Misaki. Gadis tersebut sangat populer di kalangan teman sekelas dan juga sekolahnya. Ketika ia tiba-tiba meninggal, teman sekelas dan gurunya memutuskan untuk menganggap dirinya masih hidup hingga saat hari kelulusan tiba, muncul sosok aneh yang ada di foto kelulusan. Pada musim semi tahun 1998, seorang siswa bernama Sakakibara Kouichi pindah ke kelas tersebut dan merasa aneh dengan suasana kelas. Di kelas itu ia bertemu dengan Misaki Mei, namun yang mengejutkan teman-teman kelas yang lainnya menggap bahwa Misaki Mei itu tidak ada. Setelah itu, mulai terjadi kejadian aneh yang menimpa para siswa dan keluarga mereka. Kouichi pun segera menyelidiki misteri ini untuk menghentikan fenomena aneh yang menimpa dirinya dan teman-temannya
